Shadow Empires introduit un nouveau concept dans le jeu : les factions.
Au début du jeu, les joueurs choisissent leur peuple, et en plus, une faction.
Il y a 5 factions : chaque faction commence le jeu à une position différente sur la carte.

Empire – au centre	Dynastie – au sud-est
Rebelles – au nord-ouest	Horde – à l'est
Maraudeurs – au nord

Au début du jeu, les nouveaux joueurs d'une même faction commencent dans la même région. Une fois celle-ci remplie, les nouveaux joueurs apparaîssent dans une région voisine, et ainsi de suite. L'emplacement de départ des joueurs ne dépend plus des quadrants ni de la distance par rapport au centre de la carte.

Régions

Les factions ne déterminent pas seulement la position de départ, mais elles introduisent également un nouveau niveau de coopération entre les joueurs.

Les régions sont conquises par des factions, et non plus par des alliances individuelles. Les factions et les alliances qui ont contribué à la conquête d'une région gagnent des points de victoire. Cependant, une seule alliance peut accéder au pouvoir ancien de la région. Consultez l'article sur les régions et les pouvoirs pour plus de détails.

Les joueurs et les alliances au sein des factions

• Les joueurs choisissent leur faction au début du jeu et ce choix est définitif : il n'est plus possible de changer de faction par la suite.
• Une alliance appartient à la faction du joueur qui a créé cette alliance. Cette appartenance ne peut pas non plus être modifiée par la suite.

Les joueurs sont cependant libres de rejoindre l'alliance de leur choix. Ainsi, même si vous avez commencé le jeu en jouant pour les Rebelles, vous pouvez rejoindre une alliance qui appartient à la Horde ou à toute autre faction.